목적: 본 연구는 소아에서 호흡기 바이러스 감염과 폐구균의 상기도 보균율 간의 연관성을 분석하여 호흡기 바이러스와 폐구균 감염의 상호 영향에 끼치는 인자들을 확인하고자 하였다. 방법: 2009년 6월부터 2010년 6월까지 서울대학교 어린이병원에 호흡기 증상을 주소로 내원한 소아 1,367명으로부터 채취한 비인두 흡인물을 대상으로 폐구균을 배양하고 RT-PCR을 통해 12종 호흡기바이러스(influenza virus A와 B, parainfluenza virus 1, 2와 3, RSV A와 B, adenovirus, rhinovirus A/B, human metapneumovirus, human coronavirus 229E/NL63, OC43/HKU1)를 검출하여 폐구균 보균율에 미치는 인자를 분석하였다. 결과: 대상 환자의 중앙 연령은 27개월이었다. 총 1,367건의 비인두 흡인물 중 폐구균이 배양된 검체는 228개(16.7%)이었고, 호흡기 바이러스가 검출된 검체는 731개(53.5%)이었다. 흔히 분리된 바이러스는, rhinovirus(18.4%), RSV A(10.6%), adenovirus(6.9%), influenza virus A(6.8%) 순으로 나타났다. 폐구균 보균율은 호흡기 바이러스 양성인 경우가 21.3%(156/731)로 음성인 경우 11.3%(72/636)보다 높았다( P0.001). 검출된 호흡기 바이러스의 종류에 따라서는 influenza virus A[24.7%(23/93) vs 16.1%(205/1274), P=0.042], RSV A[28.3%(41/145) vs 15.3%(187/1222), P0.001], RSV B[31.3%(10/32) vs 16.3%(218/1335), P=0.049], rhinovirus A/B[22.6%(57/252) vs 15.3%(171/1115), P=0.007] 가 검출된 경우에 그렇지 않은 경우보다 폐구균 보균율이 높게 나타났다. 결론: 본 연구 결과, 호흡기 증상이 있는 소아에서 호흡기 바이러스가 검출된 경우 폐구균 보균율이 높았으며 바이러스 종류에 따라 폐구균 보균율의 차이가 있음을 알게 되었다. 이는 향후 호흡기 바이러스와 폐구균의 보균이 호흡기 감염병에서의 임상발현 기전을 밝히는 데 도움이 될 것으로 생각된다.